La Universidad Nacional Autónoma de Chota, se encuentra en la fase de implementación de su Sistema de control interno dando asi cumplimiento a la Resolución de Contraloría N° 149-2016-CG, mediante la cual se aprueba la Directiva N° 013-2016-CG/GPROD que rige la "Implemetación del Sistema de Control Interno en las Entidades del Estado", y teniendo en cuenta que la Ley N° 30372, Ley del Presupuesto del Sector Público para el Año Fiscal 2016, en su Quincuagésima Tercera Disposición Complementaria Final, establece la obligación de todas las entidades de los tres niveles de gobierno de implementar su Sistema de Control Interno, en un plazo máximo de treinta y seis (36) meses, contados a partir de su entrada en vigencia; para lo cual la Contraloría General de la República emitirá las disposiciones conteniendo los plazos por cada fase y nivel de gobierno y los demás lineamientos que sean necesarios.